Ο Ευστράτιος Στυλιανίδης γεννήθηκε στην Πάφο της Κύπρου. Έλαβε το δίπλωμα του Αγρονόμου Τοπογράφου Μηχανικού (1996) από το Τμήμα Αγρονόμων Τοπογράφων Μηχανικών της Πολυτεχνικής Σχολής του ΑΠΘ και μεταπτυχιακό δίπλωμα από το ίδιο Τμήμα. Στη συνέχεια απέκτησε το Διδακτορικό Δίπλωμά του (2001) στη Φωτογραμμετρία από το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης.

Υπηρετεί στο Τμήμα Μηχανικών Χωροταξίας και Ανάπτυξης της Πολυτεχνικής Σχολής του ΑΠΘ ως Αναπληρωτής Καθηγητής (2018) με γνωστικό αντικείμενο Γεωδαισία-Φωτογραμμετρία. Τα διδακτικά και ερευνητικά του ενδιαφέροντα άπτονται της Φωτογραμμετρίας και της Γεωχωρικής Μηχανικής. Έχει διατελέσει επισκέπτης καθηγητής στο Columbia University (2018). Ως προσκεκλημένος ομιλητής, έχει δώσει διαλέξεις σε μεγάλα πανεπιστήμια και φορείς του εξωτερικού όπως, Princeton University, UCLA, Imperial University, Tsinghua University, Getty Conversation Institute, κ.ά.

Στο συγγραφικό του έργο περιλαμβάνονται: 2 βιβλία, 75 δημοσιεύσεις σε επιστημονικά συνέδρια και περιοδικά, 8 κεφαλαία σε βιβλία και συλλογικούς τόμους, ενώ είναι εκδότης 2 βιβλίων.

Έχει συμμετάσχει σε πλήθος ερευνητικών προγραμμάτων χρηματοδοτούμενα από εθνικούς και ευρωπαϊκούς πόρους, σε 8 από τα οποία ως συντονιστής και επιστημονικά υπεύθυνος. Είναι αξιολογητής σε μεγάλο αριθμό επιστημονικών περιοδικών, ενώ έχει συμμετάσχει σε περισσότερα από 50 συνέδρια, σε περισσότερα από τα μισά ως μέλος της οργανωτικής ή/και επιστημονικής επιτροπής. Είναι ιδρυτικό μέλος του «UAV-iRC - Ερευνητικό Κέντρο Μη-επανδρωμένων Αεροχημάτων» που στεγάζεται στο Κέντρο Διεπιστημονικής Έρευνας και Καινοτομίας (ΚΕΔΕΚ) και της ερευνητικής ομάδας «AUTH - Medical Experts Research Group». Είναι Γενικός Γραμματέας της διεθνούς επιστημονικής ένωσης CIPA – Heritage Documentation, η οποία ασχολείται με την ψηφιακή τεκμηρίωση της πολιτιστικής κληρονομιάς σε παγκόσμιο επίπεδο.